Kod brisanja u fajlovima podataka (koordinatnom i sa podacima mjerenja) sve stavke koje su označene kao brisane u stvari i dalje ostaju u fajlovima podataka. Može se desiti da tokom rada, na složenijim operacijama kao i kod prebacicanja tačaka spisak koordinata ostane prazan ili sadrži samo nekoliko tačaka, i pored toga na disku zauzima npr. nekoliko desetina ili stotina KB. U takvom slučaju se preporučuje uraditi kompresiju fajla podataka. Pri kompresiji se početni fajl podataka preimenuje na fajl koji se ulaže (.~cr), i formira se novi fajl podataka (.crd), koji neće sadržavatai ranije izbrisane stavke.

Kompresiju fajla je preporučljivo uraditi i iz drugih razloga. Ako je npr. importovan spisak koordinata (npr. iz tkstualnog fajla) u kome tačke nisu sređene, može se desiti da njegova indeksacija traje relativno dugo (posebno ako je velik). Ako tokom rada dođe do oštečenja indeksnog fajl ili je taj fajl izbrisan, nužno je indeksaciju uraditi komplikovano izpočetka . Kod kompresije fajla tačke će bit složene prema brojevima tako da će vam indeksacija oduzeti manje vremena. Poslije importa nesređenog spiska kao i kod dopunjavanja spiskova tokom složenijih računanja,preporučljivo je izvršit kompresiju fajla podataka.